Séquençage du génome et santé

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En 2003, s'est achevé le séquençage du premier génome humain, après onze ans d'efforts et des milliards de dollars de financement.

Author / translator Nicolas Ducasse

En 2003, s'est achevé le séquençage du premier génome humain, après onze ans d'efforts et des milliards de dollars de financement. Depuis, les progrès dans les techniques de séquençage ont permis de réduire drastiquement les coûts et les délais, à tel point que séquencer un génome entier devient banal.
Ces évolutions promettent de révolutionner certains aspects de la médecine, mais ne sont pas sans soulever de nombreuses questions, tant matérielles qu'éthique:
- sera-t-il possible de séquencer le génome d'un grand nombre d'individus d'une population?
- est-ce souhaitable?
- si notre génome est analysé, quelles informations y rechercher? que peut "dire" ou ne pas "dire" un génome, dans l'état actuel de nos connaissances?
- qu'en est-il du grand nombre de données génétiques qui seront disponibles (stockage, protection, utilisation)?
- les traitements peuvent-ils être adaptés au profil génétique de l'individu? la médecine de "précision" qui s'ouvre pourra-t-elle avoir les moyens suffisants pour exister?

Aims of the game

SOURCES:
Info and issue cards:
- other playdecide games (depistage neonatal, conseil en génétique)
- avis n°124 du Comité Consultatif National d'Ethique pour les sciences de la vie et de la santé, avis rendu public le 21/01/2016

Story cards: dossier "Mon ADN, tous concernés", sciensano

Created 22 September 2022

Last edited 23 September 2022

Topics Ethics, Health, Science

Policy positions

Policy position 1

Toute personne qui souhaite réaliser le séquençage de son génome doit pouvoir le faire (via une d'entreprise spécialisée ou dans un cadre médical). Les interprétations fournies au patient doivent concerner l'ensemble des allèles de gènes dont les conséquences probables sur le phénotype sont connues. Les découvertes futures en génétique doivent permettre d'informer le patient des interprétations nouvelles qui le concernent, tout au long de sa vie.

Policy position 2

Toute personne qui souhaite réaliser le séquençage de son génome doit pouvoir le faire dans un cadre médical seulement. Les interprétations fournies au patient doivent concerner l'ensemble des allèles de gènes dont les conséquences probables sur le phénotype sont connues. Les découvertes futures en génétique doivent permettre d'informer le patient des interprétations nouvelles qui le concernent, durant toute sa vie, s'il en a formulé le souhait.

Policy position 3

Toute personne qui souhaite réaliser le séquençage de son génome doit pouvoir le faire dans un cadre médical seulement. Les interprétations fournies au patient ne doivent concerner qu'un ensemble d'allèles de gènes qui mènent à des maladies réduisant l'espérance de vie. Les découvertes futures en génétique doivent permettre d'informer le patient des interprétations nouvelles qui le concernent, durant toute sa vie, s'il en a formulé le souhait.

Policy position 4

Le séquençage du génome d'un individu doit se faire exclusivement sur demande d'un médecin. Il ne doit concerner que les personnes à risque, et ne cible qu'un nombre limité d'allèles, dont la présence rend certain le développement de maladies graves. Les autres allèles ne sont pas étudiés. Le génome n'est pas analysé par la suite, quelles que soient les connaissances nouvelles, sauf sur demande expresse du médecin et avec accord du patient.

Story cards

Philippe, 50 ans, est atteint d’un cancer de l’intestin. Sa tumeur a été retirée chirurgicalement. Les médecins souhaitent à présent analyser l’ADN de cette tumeur. En effet, celle-ci s’est développée à la suite d’une accumulation d’anomalies dans l’ADN des cellules de Philippe. Si les médecins parviennent à identifier ces anomalies et à déterminer leur emplacement dans le génome des cellules cancéreuses, ils pourront éventuellement adapter le traitement afin d'offrir au patient de meilleures chances de guérison, ou au moins de rendre son traitement plus confortable.
Lorsque le médecin propose à Philippe de réaliser une analyse ADN de sa tumeur, Philippe donne immédiatement son accord. Comment pourrait-il réagir autrement ?
Toutefois, la demande du médecin va plus loin que cela. Il lui demande aussi s’il est d'accord pour que les données de l’ADN de la tumeur soient stockées dans une banque de données, avec ses données de santé et l’évolution de son traitement. Ses variations génétiques pourront ainsi être comparées avec celles d’autres patients atteints d’un cancer de l’intestin

1 - Analyse génétique d'une cellule tumorale

L’analyse ADN de la tumeur de Philippe a permis de découvrir qu’il est atteint du syndrome de Lynch, une affection héréditaire qui augmente le risque de développer un cancer de l’intestin. Il a donc hérité d’une anomalie génétique de son père ou sa mère qui le prédispose à un cancer. Philippe entrevoit les conséquences de cette nouvelle, car il a un fils (27 ans) et une fille (25 ans). Il y a 1 chance sur 2 qu’il leur ait transmis cette anomalie. Mais il est aussi possible que ses frères ou sœurs soient porteurs de cette anomalie. Il se demande ce qu'il doit faire.
Doit-il informer toutes ces personnes ? Ou est-il préférable qu’il ne les inquiète pas ? Ce syndrome est responsable d’environ 4 % de l’ensemble des cancers de l’intestin. Dans ces cas, le cancer de l’intestin apparaît à un âge relativement jeune, souvent avant 50 ans. Cependant, même pour les porteurs d’une de ces anomalies spécifiques, ce risque de cancer ne s’élève jamais à 100 %. Selon le type d’anomalie génétique, le risque de développer l’un de ces cancers varie entre 25 % et 75 %.

2 - Conséquences familiales d'une analyse génétique individuelle

Un couple en bonne santé peut donner naissance à un enfant atteint d’une maladie héréditaire grave, car on dispose tous de 2 exemplaires de chaque gène. Or, un 1 de ces 2 allèles est transmis lors de la conception d‘un enfant, l’autre venant de l’autre parent. Chez certaines personnes hétérozygotes, l’un des allèles est « normal » et l’autre « défectueux ». Dans ce dernier cas, la personne peut malgré tout être en bonne santé, mais elle est susceptible de transmettre la copie « défectueuse » à ses enfants.
Avant une grossesse, les couples à risque peuvent demander à vérifier si leur futur bébé court un risque d’être atteint de certaines maladies héréditaires graves, en réalisant un test génétique.
Si le test montre qu'un risque existe, le couple a différentes options: choisir de ne pas avoir d’enfant; opter pour une fécondation in vitro, suivie d’une sélection d’embryons; demander qu’on réalise un diagnostic prénatal à un stade précoce de la grossesse, éventuellement suivi d’une interruption de grossesse; choisir l'adoption; avoir malgré tout un enfant sans réaliser d'analyses supp

3 - Projet parental et risques génétiques

Olivier et Laetitia annoncent à leur famille que Laetitia est enceinte. Une semaine plus tard, ils se rendent en consultation chez le gynécologue qui leur explique qu’ils peuvent faire un test prénatal afin de vérifier si leur enfant n’est pas atteint d’une anomalie chromosomique, comme la trisomie 21. C'est une simple prise de sang.
Olivier se demande s’il n’est pas étrange que seules quelques maladies chromosomiques soient dépistées par ce test. Pourquoi ne pas dépister d’emblée toutes les maladies génétiques ?
Toute la soirée, il fait des recherches sur Internet sur les variations génétiques associées à certaines maladies. Il découvre qu’une firme américaine utilise ce type de test pour détecter d'autres anomalies génétiques. Il approfondit ses recherches et tombe sur des maladies dont il n’avait jamais entendu parler avant: syndrome de DiGeorge, Angelman, maladie du cri du chat, ... Le lendemain, Olivier décide de soumettre le bébé à un test plus étendu. Laetitia se fâche. À ses yeux, la famille n’est pas un club dont on ne fait partie qu'en remplissant certaines conditions.

4 - Enfant à naître et dépistage prénatal

En France, tous les nouveau-nés font l’objet d’un « dépistage ». Le test de Guthrie, réalisé à quelques jours de vie, vise à dépister d’éventuelles maladies congénitales dans une petite goutte de sang prélevée au talon du bébé. Ce test fait partie des programmes de santé publique dans les pays les plus favorisés depuis les années 60. Les maladies dépistées grâce à ce test diffèrent d’un pays à un autre.
Il n’y a donc pas de consensus entre les scientifiques, les médecins et les différentes autorités, ni en France ni en Europe, sur les maladies qui doivent être dépistées en priorité.
Les tests réalisés aujourd’hui ne sont pas basés sur une analyse ADN, mais sur une des protéines ou d'autres molécules. À partir de 2019, la Belgique a ajouté un dépistage de la mucoviscidose qui repose sur l’ADN et ouvre la voie au dépistage génomique du nouveau-né.
Claire, qui vient d'avoir un enfant, se demandent pourquoi cibler seulement la mucoviscidose alors qu’il existe tant d’autres maladies génétiques? Ne peut-on pas opter pour une analyse du génome entier de chaque nouveau-né ?

5 - Dépistage néonatal et analyse du génome entier

La mère, la grand-mère, la tante et l'oncle de Kim (34 ans) sont tous décédés des suites d’un cancer. Kim s’inquiète: a-telle une prédisposition génétique familiale au cancer? Son médecin lui prescrit une analyse ADN à la recherche d’anomalies éventuelles dans les « gènes du cancer » les plus courants. Résultats négatifs, mais Kim reste inquiète. Les médecins soupçonnent la présence d'allèles rares dans ses gènes: elle est donc invitée à analyser la totalité de son ADN.
En recherchant des anomalies génétiques liées au cancer, les médecins peuvent en profiter pour examiner aussi d’autres variations susceptibles d’avoir un effet sur sa santé. C’est un dépistage « opportuniste »: si l’on prend la peine d’établir le séquençage de tout l’ADN du génome, il n’est pas compliqué de vérifier également la présence d’autres variations associées à l’une ou l’autre maladie spécifique.
L’analyse du génome de Kim ne révèle aucun défaut qui pourrait expliquer ses antécédents familiaux de cancer. Mais on découvre une variation du gène MYH7 qui peut mener à un risque accru de défaillance cardiaque.

6 - Dépistage ciblé et dépistage opportuniste

Il y a 20 ans, la firme Decode Genetics a vu le jour. Son objectif:dresser la carte de l’ADN de tous les Islandais et relier ces données à leur état de santé. Une banque de données a été créée pour stocker les données de santé des participants.
Ce projet immense visait à identifier les facteurs de risque génétiques de nombreuses maladies courantes. Or,les causes de ces maladies sont la plupart du temps complexes et dépendent d’une combinaison de plusieurs variations génétiques. Etablir des liens entre certaines variations et les maladies consiste à comparer le plus possible de combinaisons avec le plus possible de données de santé. Idéalement,tous les Islandais devraient donc participer au projet.
20 ans plus tard,Decode possède des informations sur le génome et la santé de plus de 500 000 personnes dans ses banques de données. Mais en 2009, Decode s'effondre, suite à la crise financière. L’entreprise a été plusieurs fois revendue, notamment à 2 sociétés, américaine et chinoise, qui possèdent donc des données sur le génome et la santé de pratiquement toute la population islandaise

7 - Stockage des données génétiques

Notre ADN ne contient pas seulement des informations sur notre santé, mais aussi sur notre apparence,et, potentiellement, sur des prédispositions à certains comportements, à capacités cognitives, etc. Il serait faux de réduire au génome ces caractéristiques complexes: dans ces domaines, l’interaction entre génome et environnement est forte: c'est cette interaction qui définit en fin de compte qui nous sommes.
Et pourtant... De divers côtés, il y a un intérêt pour « dépister » dans le génome les talents, les compétences ou les comportements des individus.
ll y a quelques années, une équipe de foot britannique a soumis ses joueurs à des tests génétiques afin de déterminer leur prédisposition aux blessures. On peut aussi imaginer l'intérêt d'entreprises à essayer de repérer les candidats résistants au stress, empathiques ou ayant de grandes capacités d’apprentissage. Les parents pourraient identifier les talents potentiels de leurs enfants.
Bref, à part vous et votre médecin, il y a bien d’autres personnes intéressées par votre génome.

8 - Intérêt des analyses génétiques et employabilité

INFO CARDSISSUE CARDS

Employeur et test génétique

Aux USA, c’est souvent l’employeur qui paie l’assurance-maladie de ses employés. Il a donc intérêt à préserver autant que possible la santé de son personnel. Jusqu’à présent, il existait une interdiction concernant les tests génétiques demandés par les employeurs ou assureurs. Cependant, un projet de loi a été en discussion au Congrès il y a quelques années pour lever cette interdiction.

Confidentialité des résultats des analyses génétiques

En France, la confidentialité entre médecin et patient est importante: communiquer ou nondes informations génétiques à la famille ne dépend que du patient.
En Australie, le partage d’infos génétiques est considéré comme une obligation conjointe du médecin et du patient. Lorsque le patient choisit de ne pas communiquer ces infos, le médecin peut les partager avec la famille du patient sans son autorisation.

Informations recherchées vs. découvertes sans être ciblées

La détermination d’une séquence d’ADN donne des informations souvent empreintes d’incertitudes, tout à la fois les informations désirées, des informations pertinentes mais non sollicitées et aussi des informations disponibles dont la pertinence et l’utilité clinique ne sont pas encore établies mais pourront l’être à terme. Que faire de toutes ces données ?

Information génétique individuelle vs. familiale

Que faire lorsqu’un gène provoquant une maladie à un âge plus ou moins avancé de la vie est identifié très tôt? Pour le médecin, que dire ou ne pas dire, sachant qu’il peut y avoir des conséquences pour famille du patient ? Le génome vient souligner la frontière entre l’intimité de la personne et le patrimoine génétique, sorte de bien commun familial. Autrement dit, sommes-nous propriétaires de l’information contenue dans notre génome ?

Informations à connaître ou ne pas connaître

Pour le patient, que faire lorsque le gène identifié correspond à un risque bien connu, comme le gène BRCA1 favorisant le cancer du sein, alors qu’il y a, dans ce cas précis une prévention possible? Dans quelle situation est-il légitime d’"entrer" dans la maladie avant d’être malade ? Quelle information issue de son génome veut-on connaître ou ne pas connaître, lorsqu'il n’y a rien à faire pour soulager les symptômes d'une maladie éventuelle ?

Evolution possible de la médecine et des traitements

Faut-il basculer d'une pharmacologie basée sur l’idée des médicaments « blockbuster », qui peuvent traiter une large quantité de patients, sans tenir compte des vriations individuelles, à des produits individuels mieux ciblés, mais dont le coût pour les système de santé pourrait être pharamineux?

Données génétiques et conservation des données

— Quelles données conserver ? celles recherchées ou égalemet celles qui n'ont pas été ciblées lors du test mais qui pourront être utiles plus tard, quand les recherches auront évoluées?
— Combien de temps les conserver ? sur une période proche du diagnostic ou tout la vie de l'individu, quitte à révéler des éléments plus tardivement au moment où les connaissances médicales auront évolué?

Données génétiques et connaissances nouvelle

Quelle attitude adopter vis-à-vis des personnes prélevées, face à des informations nouvelles les concernant obtenues au fil du temps, après des progrès des connaissances médicales, alors qu’elles ne les ont pas sollicitées auparavant?

Pourquoi conserver des données?

Pour une utilisation médicale ciblée sur certains gènes, ou pour d'autres gènes qui n'étaient pas initialement étudiés? Seulement pour des maladies graves génétiques? Pour des maladies multifactorielles? Pour une utilisation policière? Pour une utilisation par l'employeur? Par les assurances?

Stockage des données

Comment gérer un stockage anonymisé des données personnelles confiées à des entreprises privées ? Les données peuvent-elles être réellement anonymisées? Peut-on confier sans risque ces données à des sociétés privées? Pour exemple, l’entreprise américaine « 23andme » financée par Google a vendu à Genentech pour quelques millions de dollars les informations personnelles et les prélèvements de 14.000 personnes impliquées dans une étude sur Parkinson

Analyse génétique et consentement

À quoi doivent précisément consentir les personnes qui se soumettent à une analyse génétique? À une analyse spécifique sur un gène concernant une maladie ? À une analyse dont le périmètre demeure imprécis et extensif dans le temps selon les techniques ?

Importance des informations génétiques révélées

Savoir que mon risque de diabète est 20, 30 ou 40 % plus élevé que la moyenne - c’est-à-dire que mon risque absolu est de 1,2 à 1,4 % au lieu de 1 % habituel - est-ce vraiment là une indication essentielle, susceptible de me faire adopter un régime plus sain ?

Positionnement du médecin face à la découverte de résultats sur des éléments non ciblés initialement

Les médecins doivent respecter la préférence d’un patient de ne pas connaître les découvertes incidentes ou secondaires des données génétiques réceptionnées, mais cela peut être difficile quand on souhaite assurer son devoir professionnel d’assistance au patient.

Utilisaiton des données génétiques et procréation

Comment les données génétiques révélées peuvent-elles être utilisées par les individus dans l'optique de procréer? Quelles informations génétiques prendre en compte si l'on souhaite limiter le risque d'atteintes phénotypiques pour l'enfant à naître? Jusqu'où cela pourrait-il influencer les unions entre personnes envisageant un projet parental?

Conséquences de l'annonce d'un risque génétique

L’annonce possible d’un risque peut conduire le sujet à réaliser un travail de deuil anticipé d’un avenir sur lequel il s’est construit. « La prédiction que comporte le résultat du test raccourcit notablement la temporalité qui sépare l’état de santé de l’état de maladie. Dans ce sens, un tel test présymptomatique peut produire un télescopage du temps : l’avenir peut devenir présent » M. Gargiulo M et A. Durr

Consentement à une analyse génétique et famille proche

Le consentement donné par une personne pour une analyse génétique peut-il être considéré comme un acte relevant de la stricte autonomie de la personne? Qu’en est-il du consentement des proches ?
Sommes-nous propriétaires de l’information contenue dans notre génome ?

Données secondaires d'une analyse génétique

Posséder sa carte d’identité génétique apparaît gratifiant et sans danger, mais, comme sur les réseaux sociaux qui ont rendu poreuse la frontière entre public et privé, on pourrait regretter un jour d’avoir rendu publiques des informations fondées sur des données susceptibles d’être interprétées, voire réinterprétées plus tard, et dont on ne soupçonnait pas un potentiel pouvoir de nuisance.

Diagnostic retardé

Pour les maladies rares, avant qu'un diagnostic correct ne soit posé, de nombreux patients et leurs familles passent des années à chercher une explication à leurs symptômes.
Au moment du diagnostic, de nombreux parents se sentent très coupables de ne pas avoir compris plus tôt. Les parents se sentent aussi souvent coupables d'avoir transmis leurs « mauvais gènes ».

Complications issues de la révélation des informations génétiques

Les personnes qui révèlent le résultat des tests génétiques à leur assureur risquent de se voir refuser une assurance-vie ou de la voir annulée. Ils peuvent aussi se mettre en difficulté face à leur employeur si certaines informations sont révélées.

Combien de maladies doit on cibler dans l'analyse du génome?

Si l’on envisage d'obtenir des informations pour une, deux, cinq ou dix maladies rares, quand décide-t-on de s’arrêter ? Doit-on aller jusqu’à analyser les quelques 6000 ou 7000 maladies rares qui existent ? Les maladies multifcatorielles dont la présence de certains allèles peut augmenter le risque de survenue de la maladie, sans que son développement ne soit certain?

Dépistage néonatal obligatoire?

Doit-on rendre obligatoire le séquençage du génome néonatal obligaoire? Le proposer gratuitement? Aurait-on les ressources humaines, matérielles et financières nécessaires?

Dépistage et surtraitement

Le dépistage est susceptible d'entraîner un surtraitement dans les cas d’anomalies douteuses où la maladie est mal connue et le traitement mal défini.

Décision volontaire des analyses génétiques néonatales

En cas de consentement accordé pour des analyses néonatales, ce sont les parents qui agissent dans l’intérêt de leur enfant. Contrairement à d’autres cas d'analyses, ce n’est pas l’individu concerné par l'analyse qui décide. C’est pourquoi le séquençage de génome néonatal pose un dilemme particulier sur le plan éthique.

Origine des maladies rares

Une maladie est dite rare lorsqu'elle touche moins de 5 personnes sur 10000 (<0,05%) selon la définition réglementaire européenne. 72 % des maladies rares sont d’origine génétique. Elles peuvent être héréditaires, se développer suite à une mutation génétique nouvelle, ou être issues d’une anomalie chromosomique. Elles représentent environ 4 % des naissances. Sur une classe de 30 élèves, cela correspondrait à 1 à 2 élèves touchés!

Conséquences des maladies rares

Les maladies rares sont en général des affections graves, chroniques, souvent dégénératives et mettant en danger la vie des malades. Souvent incurables, elles sont invalidantes, difficiles à traiter et lourdes en termes de fardeau psychologique. Leurs conséquences forment un ensemble très complexe.

Le dépistage néonatal génétique

Il s’agit d’un test ADN permettant de détecter/d’exclure la présence de maladies génétiques pouvant être transmises. Il est souvent réalisé sur un échantillon sanguin prélevé au talon peu après la naissance pour identifier les maladies génétiques mortelles. Aucun pays ne propose actuellement un séquençage systématique de l'ensemble du génome: seuls quelques gènes correspondant aux maladies génétiques principales sont recherchés.

Cadre législatif du dépistage génétique

Plusieurs mesures internationales permettent de contrôler l’utilisation des tests génétiques. Mais ces mesures ne sont aucunement contraignantes pour les gouvernements nationaux, et ne rendent pas illégales dans certains pays de l’Union européenne l’exigence de l’employeur de demander à ses employés de révéler leurs informations génétiques.

Coûts du séquençage du génome

Pour dresser la première séquence complète du génome humain, il aura donc fallu onze ans d’efforts internationaux, pour un coût de 3 milliards de dollars. Aujourd’hui, le génome d’un individu peut être séquencé en quelques jours, de façon fiable, pour quelques centaines de dollars; en réalité, on séquence seulement les régions codantes de son génome.

Avantages d'un diagnotic précoce

Un diagnostic des maladies rares effectué suffisamment tôt, accompagné d’un conseil génétique approprié est un programme de prévention très efficace. La phénylcétonurie, par exemple, est une maladie qui entraîne un retard mental irréversible lorsqu’elle n’est pas soignée. En moyenne, 1 individu qui naît sur 15 000 est concerné. Détectée précocément, elle peut être contrôlée via un régime alimentaire strict.

Dépistage et porteurs sains

A l’origine, les tests de dépistage étaient conçus de manière à déceler les cas avérés de maladies génétiques. Aujourd'hui, les tests peuvent également identifier les porteurs sains : les personnes qui ont un allèle du gène affecté, mais ne présentent pas de symptômes.

Cas de la mucoviscidose

La mucoviscidose est une maladie incurable, mais pour laquelle on peut recevoir des soins. Un diagnostic précoce permet d’éviter les processus de diagnostic longs, les admissions à l’hôpital, et peut aider les familles à s'organiser. On connaît actuellement plus de 2000 allèles différents du gène CFTR qui peuvent mener à l'apparition de cette maladie. Cependant, la gravité des symptômes de la maladie n'est pas la même selon le type d'allèle porté

Genetic Information Non discrimination Act

Signée aux États-Unis en 2008, la loi sur la non-discrimination génétique est une loi approuvée par le congrès interdisant toute discrimination sur la base d’informations génétiques en matière d’assurance maladie et d’emploi, notamment aux agences d’assurance qui souhaiteraient refuser une protection maladie sur la seule base d’informations génétiques.

Transmission héréditaire des maladies génétiques

Les maladies génétiques sont héréditaires. Parmi les modes de transmission fréquents de ces maladies, on trouve le cas où les deux parents sont porteurs d’une mutation de la maladie sur un des deux allèles (porteurs sains). Dans ce cas, il y a alors 25 % de probabilité que l’enfant soit atteint par la maladie.

Critères d’évaluation de l’OMS pour le dépistage néonatal

Les dépistages ne testent pas l'ensemble des maladies. Les critères retenus par l'OMS pour effectuer un dépistage néonatal sont:
1) La maladie est un problème de santé publique important, reconnaissable à un stade précoce.
2) Existence de tests appropriés, dépistage sur chaque nouveau-né.
3) Existence d’un traitement.
4) Dépistage, diagnostic, traitement doivent faire l'objet d'un équilibre économique.

Analyses génétiques et consentement

Le consentement libre et informé est le fondement de l’éthique médicale. L’éclairage, l’information vraie et sincère des patients en sont des prérequis. Or,l’interprétation et la compréhension des informations génétiques évolue rapidement.Cela peut mener à ne considérer comme vraie, sincère, et désirée, qu’une information génétique localisée dans le temps,et que le consentement donné pour une analyse génétique est lui aussi limité dans le temps.

Importance de l'information

Une étude a démontré qu’un an après avoir décelé le porteur au moyen d’un test de dépistage néonatal, 15 % des familles ne savaient pas si le statut de porteur impliquait des problèmes de santé.

Informations génétique et confidentialité

Les informations génétiques sont des données particulières, car non seulement elles révèlent des connaissances sur des individus, mais également sur leur famille. Elles concernent donc à la fois l'individu testé, mais aussi, dans une certaine mesure, sa famille proche.

Des retards de diagnostics signifient :

- que davantage d’enfants naissent avec la même maladie ;
- une prise en charge inadaptée de la famille ;
- une aggravation de l’état de santé du patient, voire le décès ;
- une perte de confiance dans le système médical.

Big Data génétique

Des quantités considérables de données génétiques individuelles s'accumulent au fur et à mesure que les génomes sont séquencés. Des questions majeures se posent sur ces données: capacités et sécurité du stockage, confidentialité, organismes/personnes habilités à les stocker, à les utiliser, …

Stockage et traitement des données génétiques

La gigantesque quantité de données qui sera produite par les analyses génétiques individuelles nécessiteront des puissances inédites de calcul, de stockage et des logiciels nouveaux. Il semble donc, à ce stade, difficile d'éviter le monopole hégémonique, d’un très petit nombre de géants informatiques tels que les GAFA (Google, Amazon, Facebook et Apple) pour la gestion du stockage et de l'analyse d'une partie de ces données.

Séquençage du génome et dossier médical

Le Comité Consultatif National d'Ethique français a estimé en 2016 que "bien que nous ne disposons aujourd’hui, ni des moyens humains, financiers ou matériels pour généraliser le séquençage du génome entier, il est admis que le génome entier d’une personne sera, à l’avenir et peut-être même sans trop tarder, un des éléments de base du dossier médical.

Les limites des gènes

L’ADN ne détermine pas tout le phénotype. Autrement dit,le génome n’est pas le livre de la vie qu’on évoquait dans lequel notre destin serait écrit. Nos gènes ne font pas tout notre personne. L'environnement (au sens large) a une part prépondérante dans la construction du phénotype. De plus,le microbiome,l’ensemble des génomes des bactéries qui nous colonisent, qui influent de façon considérable sur notre état physiologique,est,lui aussi variable

Variants génétiques et santé

Le génome "normal" n’existe pas. On observe, en effet, de très nombreuses séquences variantes d'un individu à un autre (les « variants » génétiques). Ces variants sont souvent identifiés bien avant de découvrir la conséquence éventuelle qu'ils peuvent avoir en termes de santé. D'ailleurs, nous ne connaissons pas le rôle de la majorité des variants détectés.

Interaction génome-environnement

L’expression du génome est soumise à l’influence de son environnement au sens large (alimentation,activité physique,stress,...). Cette influence extérieure sur le génome est dynamique selon l’environnement et le temps. Certaines de ces modifications de l'expression des gènes semblent même se transmettre à la descendance.Analyser le génome sans avoir accès à l'état exprimé/non exprimé"des gènes n'est donc pas suffisant pour comprendre le phénotype

Maladies génétiques et maladies multifactorielles

En dehors des maladies monogéniques (celles qui sont liées à la mutation d'un seul gène, soit environ 3.000 connues à ce jour), le seul séquençage du génome s’avère actuellement peu informatif pour prédire les risques des maladies multifactorielles, comme les cancers. Les déterminants majeurs de santé sont davantage liés aux conditions socioéconomiques qu'à la génétique.

Génome et maladies multifactorielles

Le plus souvent, les données génétiques obtenues correspondent à un simple risque statistique supplémentaire de développer une maladie par rapport à un allèle témoin. Pour un patient, cela se traduit par une information du type : "vous avez un risque supérier de 17 % à la moyenne de développer tel ou tel cancer"

Quantité de données issues d'un génome et interprétation des données

Un médecin seul ne peut pas interpréter les données brutes du séquençage des quelques 23.000 gènes d’un patient. Ce sont des programme informatiques qui viendront analyser, interpréter, proposer un diagnostic et suggérer une thérapeutique. Le médecin pour se placer comme un médiateur entre les chiffres et le patient.

Impact des résultats d'analyse sur les patients

Le diagnostic d'une maladie rare est lourd au niveau psychologique. La révélation d'allèles de prédisposition à d'autres maladies (cancers, diabète, maladies neurodégénratives, ...) peut aussi développer une anxiété chez les patients. La particularité étant que, contrairement à la plupart des maladies génétiques, la présence de ces allèles est un facteur de risque de développer ces maladies, sans être certains qu'elles se développent réellement.

Expressivité d'une maladie

Il est n'est pas toujours facile de prévoir comment une maladie sera exprimée à partir d'un génotype donné, ni si elle se développera réellement. L'expression de la maladie peut être modifiée par les effets du vieillissement, des facteurs environnementaux et d'autres facteurs.

Présence d'allèles chez un individu et contexte familial

Lorsqu'une analyse génétique confirme la présence d'allèles problématiques (pour une maladie génétique, ou une maladie multifactorielle), toute la famille du patient est concernée, car ils peuvent potentiellement posséder les allèles en question.

Conseil en génétique

Un conseil en génétique approprié est conseillé avant tout test génétique.
Un conseiller en génétique peut aider l'individu ou la famille à comprendre ce qui suit :
- les données médicales
- le risque pour la famille
- les options pour le traiter
- démarches à suivre
- les meilleurs ajustements à la maladie et le risque de récidive

Médecine de précision vs. de masse

La médecine de précision « s’appuie sur les données individualisées du patient découvertes grâce aux progrès de la science. Elle met fin en à la médecine de masse pour devenir une médecine presque sur mesure; on passe de médicaments dits blockbusters qui soignent une pathologie indépendamment de l’hétérogénéité de ses caractéristiques d’un patient à un autre, au médicament adapté dans son indication et dans son dosage au métabolisme du patient".

Extrait d'un avis du Comité Consultatif National d'Ethique français, 30/10/1995

L'utilisation des informations génétiques à des fins de sélection ou de discrimination dans la vie sociale et économique, que ce soit dans le domaine des politiques de santé, de l'emploi ou des systèmes d'assurance, conduirait à franchir une étape d'une extrême gravité vers la mise en cause des principes d'égalité en droits et en dignité, et de solidarité entre tous les êtres humains, sur lesquels repose notre société.

Informations génétiques nouvelles au cours de la vie

Avec la possibilité que chaque personne ait son génome séquencé à la naissance apparaît le risque supplémentaire que, la séquence pouvant être réanalysée tout au long de la vie, ce soit un flot continu d’informations nouvelles, et potentiellement non désirées, qui lui soient fournies, voire imposées.